Le diverse sezioni del Museo, nate da esperienze universitarie, mantengono rapporti molto proficui con diversi Dipartimenti dell'Università di Bologna (Fisica, Entomologia, Botanica), con il Centro Mente e Cervello dell'Università di Trento, con il Consiglio Nazionale per le Ricerche in Agricoltura - Unità di Ricerca in Apicoltura, solo per citarne alcuni.
Nell'ambito di collaborazione a progetti di ricerca è possibile accogliere studenti universitari che vogliano svolgere tirocini e tesi di laurea, ma anche studenti delle scuole superiori nell'ambito dei periodi di stage o di alternanza-scuola lavoro previsti da alcuni Istituti.
Alcuni dei progetti già attivati nell'ambito dei quali è stato possibile svolgere stage, tirocini e tesi di laurea
- Progetto APENET: un progetto sugli effetti degli insetticidi utilizzati per la concia dei semi di mais (contro insetti del terreno) . Al Laboratorio dell'Insetto ci siamo occupati degli effetti di dosi sub-letali (e infinitesime) sul comportamento delle api, in paricolare su percezione e memoria degli odori, orientamento spaziale http://www.reterurale.it/apenet
- Progetto Adotta una Pupa: allevamento di farfalle autoctone, in collaborazione con CNR.IBIMET, dott. Edoardo Gatti, e Dipartimento di Biologia Evoluzionistica, prof. Mario Marini
- Progetto Verde Vivo: riproduzione di piante erbacee autoctone finalizzato alla creazione di giardini sostenibili
e ancora:
- catalogazione di reperti e mantenimento delle collezioni
- catalogazione delle collezioni del Museo secondo i criteri richiesti IBACN
- realizzazione di schede didattiche
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