Nato nel 2000, è un museo diffuso: una struttura multicentrica che da San Giovanni in Persiceto (BO) si sviluppa in più poli nei comuni di Terre d’acqua, l'area posta tra Bologna e Modena.

Il Museo possiede una delle aree astronomiche più importanti d'Italia, un orto botanico, una rete di aree naturali ricche di flora e fauna. E poi una ludoteca, il Laboratorio dell'insetto, il Laboratorio di scienza e tecnologia e il moderno Ecomuseo dell'acqua: un sistema complesso nato per divulgare la scienza al grande pubblico e alle scuole.

Il Museo è socio dell' ANMS - Associazione Nazionale Musei Scientifici